聯會的最高權力架構是「會員大會」，人數不能少於30人，上限為500人，由各堂會執事會委派代表為總會友人數的2%。但派出人數不少於10人，最多不能多於30人組成，會員必須是銘恩堂的會友。「會員大會」有修訂公司註冊會章、通過有核數師簽署的財務報告、委任新核數師及新董事會成員、罷免聯會董事或堂會執事會成員、通過聯會開設分堂、批准加入聯會之教會或使命機構、購買或出售或租用聯會的資產等功能。
「董事會」需在聯會會員大會通過下產生，定期或按需要召開會議，商討、策劃並處理聯會及其屬下組織的事工。成員由屬下堂會派出牧者及信徒代表組成。「董事會」由9人組成。成員包括有3名牧者及6名信徒代表。「董事會」主席由牧者擔任，而副主席則由信徒領袖擔任。
聯會辦公室的成立是協助董事會工作，實際執行董事會議決或商討中的各項事工。